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祼子植物的分子系统发育、分歧时间估计和适应性选择检测The molecular phylogeny of prickly heat plants, divergence time estimation

复旦大学大学
博士音阶论文
鹿角大珊瑚属树叶的分子零碎产生、分歧时间观察和合用性选择检测
姓名:刘念
音阶高于运用:博士
专业:树叶学
教练教员:钟扬
2010-04-10
裸子树叶的分子零碎产生、分歧时间观察和合用性选择检测
摘要
裸子树叶是现存的种子树叶的首要分科。,零碎产生相干(尤其在衣壳中)
这阶级的零碎产生位置对我们的听说的人十分重要。。记事录
并终止了袜口范围内克制16科7l属(属高于约占83.5%)的裸子树叶类群的核
考虑以由于可移动性参照系的以前的为教练,应用前述的8个遗传物质,最大似然法(ML)等
统计资料以前的与星型、STEAC和MPEST等软件再现真实的裸子树叶物种株,剖析
采样全部含义、要害退化位点对种株安排的情绪反应,同时也与裸子树叶的零碎产生参与。
复杂生物等式讨论。
由于8个遗传物质的剖析水果揭晓,持有违禁物单遗传物质记录和遗传物质关系记录背衬Quil
树叶、银杏纲、苏铁树纲、买麻藤目、松科和非松科被掉进单独单列。。18S遗传物质
ML零碎产生树背衬中国1971松单株系的组织。,松冷杉和松木结合大姐群;26S遗传物质
ML零碎产生树背衬肌肉和被子树叶的大姐群,银杏和苏铁树变为大姐群,
松科是一种单系委屈。;中国1971松在自体移植物16S-Gen的ML零碎产生树打中伞形目,买
木兰科和非松科树叶的大姐群;自体移植物rbcl-gen ML零碎产生树的低分辨能力,各
大的群被掉进一致的分科。:自体移植物像章遗传物质的ML零碎产生树具有十分好的分辨能力。,在遗传物质树上买它
木兰变为种子树叶的根本分科,随后是被子树叶。,银杏纲、苏铁树和松树
向单独分科,松科单系混合物群;自体移植物rps4-gen分子退化树中被子树叶的考虑、苏
铁纲和银杏纲聚向单独分科,其他的首要批在这三个批金中都成了一致的分科。;线粒体的ATPI遗传物质
在ML零碎产生树中,被子树叶变为种子p的根本支出额。,松树和西洋杉都属于伞形科。,松科
苏铁树大姐会,买麻藤目中麻黄属植物与蕨类被聚向单独分科。8个遗传物质触点记录的ML线
零碎产生树的拓扑建筑学是(蕨类,(被子树叶),(苏铁树),(银杏),(非松科树叶,
(松科),买麻藤目))))))。去除密码子的第三个碱基并没有代替物国民间的树和每个密码子的8个碱基。
遗传物质相干分子退化树的拓扑建筑学,它只会使沮丧每个开展机关的单一的背衬率和零碎。
开展树的使消释。从20个物种中尤指用样品来检验,45-70不代替物ML零碎产生树的拓扑建筑学
建筑学。
星型剖析设法对付裸子树叶种株的拓扑建筑学,((被子树叶),
苏铁树),(银杏),(买麻藤目,(松科),非松科树叶))))),经过STEAC办法成功
复旦大学大学考虑生更新工程
裸子树叶的分子零碎产生、分歧时间观察和合用性选择检测
裸子树叶种的树拓扑建筑学为(蕨类),((被子树叶),苏铁树),(银杏),(买麻藤
纲,(松科),非松科树叶))))),用mpest办法设法对付裸子树叶种株的拓扑建筑学
用于(蕨类),((被子树叶),(银杏),苏铁树)),(买麻藤目,(松科),非松科植
零碎产生剖析的水果苗条地有区别的。,但他们都以为松科是单系的。,买笨蛋和松木
主要原则是大姐组。我们的看见,STAR,由STEAC和MPEST成功的树种,
衔接被子树叶、苏铁树纲、银杏纲、买麻藤目、松科和非松科树叶的大类群
零碎产生树的分支规模十分短。。这种情况很可能通向遗传物质树中间的不符。,也
这执意类似的非常树景象,它可以在一定程度上解说工会的。
gene
遗传物质树与物种株不符的账。地面在过去的考虑水果,用时距法再现AGT
植树优于ML法,也执意说,STEAC法和STAR法的水果更牢靠,这么赤裸裸
树叶的零碎产生相干,((被子树叶),苏铁树),(银杏),(买麻藤目,
(松科),非松科树叶))))),买麻藤应该是与松杉主要原则是大姐组相干,缺陷最早的的考虑
究打中松科。
杉科是松科最原始的混合物群经过。,零碎产生相干和亲嗣关系时间(分歧
考虑具有重要意义。核糖体18s和核糖体18s的单一的终止和根班法
序列,用姣姣者软件再现杉科树种,教派的决定

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